Klöster und Orden waren von Beginn an Zielscheibe nationalsozialistischer Propaganda. Die Orden galten als "Kampftruppe" der katholischen Kirche, hinter den Klostermauern vermutete man Schätze und obskure Geheimbündelei. Die weltweite Verbreitung und internationale Zusammenarbeit vieler Kommunitäten galt in der Interpretation der Nazis als "gefährlich".

Wer ein eheloses Leben hinter Klostermauern führte, stellte sich außerhalb der "Volksgemeinschaft" – kurz – das Leben von Ordensleuten war für die Nationalsozialisten eine Provokation. Die Bonner Historikerin Annette Mertens:

"Immer wieder wurden ihnen Homosexualität vorgeworfen. Natürlich kam Habgier dazu, man vermutete enorme Reichtümer hinter Klostermauern, das waren aber uralte Vorurteile, die die Nazis nicht erst erfinden mussten. Die Orden galten als 'undeutsch', weil sie sich nicht fortpflanzten, keine Kinder bekamen und damit die arische Rasse nicht förderten. Biologische Blindgänger waren die Mönche in den Augen der Nationalsozialisten und lebten eben ganz anders als es den Nationalsozialisten vorschwebte."

"Wir werden niemals dulden, dass sich in diesem völkischen Staat sich irgendetwas über diesen völkischen Staat stellt, auch keine Kirche."

Adolf Hitler 1937 auf der NS-"Ordensburg" Vogelsang in der Eifel vor Kreisleitern der NSDAP. Er stellt klar, wer sich außerhalb der Volksgemeinschaft stellt, wird vernichtet – vor allem wenn wie im Falle der Klöster Besitz und Gebäude vorhanden sind, die das Regime nach dem deutschen Überfall auf Polen benötigte. 1940 begannen die Klosterenteignungen beschönigt als "kriegsbedingte Notwendigkeit". Sie wurden als Lazarette, Krankenhäuser, Parteihäuser, später Eliteschulen Hitlers genutzt. Tausende von Ordensangehörigen wurden aus ihren Klöstern vertrieben.

"Das ging meist so vor sich, dass SS vor der Tür stand und einen Räumungsbefehl in der Hand hatte und den Ordensleuten mehr oder weniger Zeit eingeräumt, um ihr komplettes Gebäude zu räumen. Gleichzeitig konnte man dann eben in einem Pflegeheime oder Kindergärten schließen, die in diesen Räumen beherbergt waren. Wir wissen von mehr als 300 Klöstern und ähnlichen Einrichtungen in Deutschland, die komplett enteignet und beschlagnahmt worden sind."

Dazu kamen Tausende, die vorübergehend beschlagnahmt wurden, sowie Einrichtungen in den besetzten Gebieten in den Niederlanden, in Österreich, im Sudetengau und im besetzten Polen. In der ersten Phase beschlagnahmte und enteignete die SS – genauer die "Volksdeutsche Mittelstelle", die Himmlers Einfluss unterstand.

Ihre Aufgabe: Übergangslager für die gigantische Umsiedlungsaktion "Heim ins Reich" zu schaffen. Über eine halbe Million Deutschstämmige aus Polen, Rumänien und dem Baltikum mussten untergebracht werden – die enteigneten Klöster boten auch hierfür Raum. Im Januar 1941 setzte eine zweite Welle des Klostersturms ein, diesmal angeordnet von Martin Bormann, Vertrauter Hitlers und späterer Stellvertreter. Am 13. Januar schreibt er an alle Gauleiter:

"Es hat sich heraus gestellt, dass die Bevölkerung keinerlei Unwillen zeigt, wenn Klöster einer allgemein geeignet erscheinenden Verwendung zugeführt werden... Von diesen Möglichkeiten soll weitgehender Gebrauch gemacht werden."

"Bormann galt ja lange als der Drahtzieher des Klostersturms, weil wir eben diesen Befehl vom 13. Januar 1941 kennen. Wir wissen aber inzwischen, dass er damit im Grunde nur auf einen fahrenden Zug aufsprang, denn die eigentliche Befehlsgewalt über Polizei und SS hatte nicht Bormann, sondern Heinrich Himmler, und die beiden rivalisierten auch um den Einfluss in der Kirchenpolitik. Und diese erste Aktion 1940 war eine Aktion, die vor allem die SS unter Himmler durchgeführt hatte und Bormann versuchte, das Ganze voranzutreiben und dem Ganzen seinen Stempel aufzudrücken. Und ab 1941 war es vor allem die Gestapo, die Klöster beschlagnahmte und dann nicht mal mehr unter Vorwänden wie kriegsbedingten Aspekten und hat ohne Rücksicht auf Verluste die Klöster geräumt und die Ordensleute vertrieben."

Damit fiel auch der letzte Schein von Legalität. In ganz Deutschland fielen berühmte Abteien dem Klostersturm zum Opfer. Ein besonders grausames Kapitel in der Geschichte des Benediktiner-Klosters in Bonn-Endenich ist das Jahr 1941: Nach Enteignung hielten Nationalsozialisten in der Kapelle Propaganda-Vorträge und zwangen die Ordensfrauen zuzuhören. Kurz darauf wurden die Nonnen vertrieben und es wurden dort Juden interniert, die später deportiert und ermordet wurden. Vor allem gegen katholische Häuser richtete sich der Klostersturm.

"Das liegt zum einen daran, dass es das Ordenswesen auf evangelischer Seite nicht so gibt und auch daran, dass die katholische Kirche im Zentrum dieser Verfolgungspolitik stand und ganz gezielt vor allem katholische Einrichtungen beschlagnahmt und enteignet wurden."

Während der ersten Kriegsmonate nahm die katholische Kirche die Enteignungen noch stillschweigend hin – denn die Bischöfe sahen den Krieg als Aufgabe nationaler Bewährung. "Vaterländische Pflicht und christliche Gewissenspflicht sind uns eins", schrieb der Vorsitzende der Arbeitsgemeinschaft katholsicher Klöster Bayern, Domkapitular Johannes Zinkl, wenige Tage nach Kriegsbeginn an die Orden. Doch im Laufe der zunehmenden Übergriffe schrieben die Bischöfe mehr als 100 Beschwerden und Protestbriefe, doch die zeigten keine öffentliche Wirkung und verschwanden meist in der Schublade, so die Historikerin Annette Mertens:

"Der erste, der sich öffentlich in einem Hirtenbrief geäußert hat, war der Würzburger Bischof Ehrenfried. Und der nächste war Bischof Berning von Osnabrück, der auf einer großen Männerwallfahrt in seiner Predigt offen Stellung bezog. Das sind mutige Aktionen, wir sind ja mitten in einer Diktatur, mitten im Krieg, das dürfen wir nicht gering schätzen. Dann kam im Juli 1941 die berühmte Predigtreihe des Münsteraner Bischofs von Galen, der eine so große Öffentlichkeitswirkung erzielte mit seinen vehementen Predigten gegen das NS-Regime, dass er tatsächlich ganz entscheidend dazu beigetragen hat, dass die Aktion eingestellt wurde."

Am 30. Juli gab Hitler den Befehl, keine weiteren Klöster zu beschlagnahmen, er fürchtete innenpolitische Unruhen. Viele Orden konnten nach dem Krieg in ihre Gebäude zurückkehren, etliche Klöster haben die Vertreibung nicht überstanden und lösten sich auf.