Dort nutzte er den "Leviathan", das mit fast zwei Metern Spiegeldurchmesser damals größte Teleskop der Welt. John Dreyer, wie sich der Däne nun nannte, beobachtete damit vor allem Sternhaufen und Nebelflecke.

Später war er einige Jahre an der Sternwarte der Universität von Dublin tätig, bevor er 1882 Direktor des Armagh Observatoriums wurde – drei Jahrzehnte lang prägte John Dreyer diese berühmte Sternwarte.

Allerdings waren die Instrumente dort in einem schlechten Zustand und es bestand kaum Aussicht auf besseres Gerät. So machte John Dreyer aus der Not eine Tugend und konzentrierte sich darauf, die Beobachtungen anderer, meist bereits verstorbener Astronomen systematisch auszuwerten.

Fast achttausend Objekte nahm er schließlich in seinen "Neuen General-Katalog" auf. Das Werk ist unter seiner englischen Abkürzung NGC bekannt.

Später veröffentlichte John Dreyer als Ergänzung noch zwei Index-Kataloge mit mehr als fünftausend Einträgen. Die NGC- und IC-Nummern sind bis heute in Gebrauch.

Nach seiner Pensionierung hat John Dreyer die Werke seines Landsmannes Tycho Brahe komplett veröffentlicht – in fünfzehn Bänden.

1926 ist John Dreyer im Alter von 74 Jahren gestorben. Er selbst ist heute weitgehend vergessen – doch seine NGC-Nummern sind es nicht.