Einer der wichtigsten Konfliktpunkte ist die Zahlung der in dem Abkommen vereinbarten Unterstützung syrischer Flüchtlinge in der Türkei. Bei den 6 Milliarden Euro handelt es sich um das Budget der sogenannten EU-Fazilität für Flüchtlinge in der Türkei. Es ist in zwei Tranchen in Höhe von jeweils 3 Milliarden Euro aufgeteilt, die im Rahmen von zwei Zeiträumen zugewiesen werden: 2016 bis 2017 und 2018 bis 2019.

Mit dem Geld sollen solche Projekte finanziert werden, die die Lebensbedingungen von Flüchtlingen in der Türkei verbessern - etwa
Bildungsprojekte sowie die Versorgung und medizinische Behandlung der Geflüchteten. Außerdem wird die türkische Küstenwache unterstützt. Nach Angaben der EU-Kommission waren im August 2019 bereits über 80 Projekte angelaufen. 5,6 Milliarden Euro seien bereits für Programme verplant. Davon seien Projekte mit einem Gesamtumfang von 3,5 Milliarden Euro vertraglich an Projektträger vergeben worden. Von dem Budget habe man 2,4 Milliarden Euro an die jeweiligen Träger ausgezahlt. Bis Ende 2020 soll das ganze Geld zumindest vertraglich gebunden sein.

Der stellvertretende türkische Außenminister Faruk Kaymakci hatte die EU im September aufgefordert, die Auszahlung von Hilfsgeldern für die Flüchtlingsaufnahme zu beschleunigen. Bisher sei weniger als die vereinbarte Summe von sechs Milliarden Euro geflossen. Bei der zweiten Hälfte des Betrages werde es verstärkt um die Integration von Flüchtlingen in der Türkei gehen müssen.

Der türkische Präsident Recep Tayyip Erdogan hatte zuletzt unter Verweis auf die gestiegene Zahl der Flüchtlinge im Land unter anderem von der EU mehr Unterstützung gefordert. Offiziell leben 3,6 Millionen syrische Flüchtlinge in der Türkei. Erdogan verlangte unter anderem mehr Geld sowie Hilfe bei der Einrichtung einer Zone in Nordsyrien, in der nach seinen Plänen bis zu drei Millionen syrische Flüchtlinge angesiedelt werden sollen. Erdogan drohte, sollte die EU auf seine Forderungen nicht eingehen werde er die Grenzen Richtung Europa wieder öffnen. Die Zahl der aus der Türkei kommenden Flüchtlinge war in den letzten Wochen erneut stark gestiegen.

Nach Informationen des Handelsblattes beschwert sich die türkische Regierung zudem, dass der Großteil der Gelder an teils internationale Nichtregierungsorgansiationen überwiesen werde. Diese berechneten zu hohe Verwaltungskosten. Die türkische Führung hat in Verhandlungen offenbar den Wunsch geäußert, eigene Organisationen zu beauftragen, auch um mehr Einfluss auf die Verwendung der Gelder zu bekommen.

Auf die Zahlen der EU beruft sich auch der türkische Abgeordnete Yeneroglu. Gleichzeitig verwies er im Deutschlandfunk darauf, dass die Türkei selbst mehr als 40 Milliarden Dollar für die Versorgung von Flüchtlingen im Land ausgegeben habe. Außerdem komme die EU den vereinbarten Rückführungen nicht nach. Nach dem Flüchtlingsabkommen darf die EU alle Migranten, die illegal auf die griechischen Inseln übersetzen, in die Türkei zurückschicken. Im Gegenzug nimmt die EU für jeden zurückgeschickten Syrer einen anderen legal auf. Yeneroglu sagte, in den letzten Jahren sei es nicht gelungen, mehrere tausend Asylbewerber in die Türkei zurückzuführen. Im Gegenzug hätten aber auch viele Syrer nach Europa gesiedelt werden müssen. Dafür verantwortlich sei die Überlastung der Behörden in Griechenland.

Der türkische Außenminister Cavusoglu hatte im Juli gegenüber türkischen Medien geäußert, dass sich die Türkei nicht mehr an ein Rückführungsabkommen mit der EU gebunden fühle. Die türkische Regierung wies allerdings Spekulationen europäischer Medien zurück, damit stehe der gesamte Flüchtlingspakt zur Debatte.

Auch die Bundesregierung hat eingeräumt, dass die vereinbarten Rückführungen in den vergangenen Jahren nicht im vorgesehenen Maß stattgefunden hätten. Die neue griechische Regierung habe aber angekündigt, zu einer besseren Umsetzung zu kommen.

Zudem werden nach dem Willen der EU derzeit viele Flüchtlinge von den Inseln aufs Festland verlegt. Von dort gilt die Rücknahme-Verpflichtung für die Türkei aber nicht mehr.