Der bildungspolitischer Sprecher der Unionsfraktion, Jarzombek, sagte im Bundestag, die FDP-Politikerin habe Bemühungen dazu systematisch ausgebremst. Die Linken-Abgeordnete Gohlke meinte, es stehe der Verdacht im Raum, dass Stark-Watzinger die Namen von Forschern, die nicht ihre politische Meinung vertreten würden, sammeln ließ, um zu prüfen, ob ihnen die finanzielle Förderung ihrer wissenschaftlichen Projekte entzogen werden könne. Das seien autoritäre Methoden. Auch aus der Koalition kam Kritik. Die FDP-Politikerin selbst äußerte sich in der Debatte nicht. Sie wies bereits mehrfach persönliche Verantwortung zurück und entließ ihre Staatssekretärin Döring. Zugleich lehnte ihr Haus ab, Döring von der Verschwiegenheitspflicht zu entbinden. Der Ministerin wird ferner vorgeworfen, Akten und Chats nicht freizugeben sowie Fragen nicht ausreichend zu beantworten.

Das Ministerium hatte Konsequenzen für unliebsame Dozenten prüfen lassen, die pro-palästinensische Protestaktionen an Universitäten verteidigt hatten.