Die sogenannten Fallpauschalen sollen weitgehend durch ein System der Vorhaltepauschalen abgelöst werden. Kliniken sollen demzufolge vor allem dafür Geld erhalten, dass sie ausreichend Personal oder bestimmte medizinische Geräte bereithalten. Zudem sollen nicht mehr alle Kliniken alle Behandlungen durchführen, sondern sich auf bestimmte Angebote spezialisieren. Der SPD-Politiker betonte, mit der Reform ziehe die Regierung die Notbremse. Wenn die Strukturen der stationären Versorgung nicht geändert würden, drohten Klinik-Insolvenzen, schlechte Behandlungen und weite Wege.

Die Krankenkassen befürchten durch die Änderungen massive Mehrausgaben. Kritik kommt auch von Patientenschützern und aus den Bundesländern. Sie werfen dem Gesundheitsminister vor, durch Qualitätsvorgaben indirekt die Krankenhausplanung zentralisieren zu wollen. Baden-Württembergs Gesundheitsminister Lucha drohte mit einer Blockade der Gesetzespläne im Bundesrat durch den Vermittlungsausschuss. Der Präsident des Deutschen Landkreistages, Sager, kritisierte die Pläne ebenfalls. Der CDU-Politiker sagte im Deutschlandfunk, die Krankenhaus-Reform führe zu einem weiteren Kliniksterben, das vor allem den ländlichen Raum treffen werde. Der Bund stelle zudem bei weitem nicht genügend Mittel zur Verfügung.

Die Deutsche Stiftung Patientenschutz forderte eine Garantie für den Bestand von 200 Krankenhäusern. Die Vorsitzende der Ärtztegewerkschaft Marburger Bund, Johna, sagte dem Redaktionsnetzwerk Deutschland, die Reform entpuppe sich bei näherem Hinsehen als Etikettenschwindel.

Der Intensivmediziner Karagiannidis geht hingegen von Verbesserungen durch die Krankenhausreform aus. Er glaube nicht, dass die Versorgung der Menschen in Deutschland in Gefahr sei, wenn durch die Reform auch einige Kliniken schließen müssten, sagte er nach Angaben der Tagesschau. Die Versorgung der Patienten könne sich sogar verbessern, selbst wenn bei einem Notfall die Anfahrt zur Klinik ein wenig länger dauere, sagte er. Karagiannidis ist Mitglied einer Kommission, die die Regierung bei der Krankenhausreform berät.

Der Grünen-Gesundheitspolitiker Dahmen sagte dem NDR, das Vorhaben sei notwendig, wirksam und überfällig. Dies gelte insbesondere angesichts der existenziellen wirtschaftlichen Not, in der sich viele Kliniken befänden. Zugleich sah Dahmen Raum für Verbesserungen. Bei der Ausgestaltung des Gesetzes müssten Kooperationen und Konzentrationen von Krankenhäusern, dort wo sie regional gewünscht und sinnvoll seien, einfacher gemacht werden.