Gegen Villar wird unter anderem wegen Korruption, Fälschung und Unterschlagung ermittelt. Ihm wird vorgeworfen, Geld des Verbandes veruntreut zu haben. Unter anderem habe er Spiele der spanischen Nationalelf arrangiert, woran auch sein Sohn mitverdient haben soll. Villar junior war bis zum vergangenen Jahr Generalsekretär des südamerikanischen Fußballverbandes CONMEBOL.
Erst im Mai war Villar senior für eine weitere Amtszeit wiedergewählt worden, den spanischen Verband führt er seit fast 30 Jahren. Villar ist auch Vizepräsident der UEFA als auch der FIFA - und gilt als Unterstützer des neuen Präsidenten Gianni Infantino.
Spaniens Polizei hatte Villar am vergangenen Dienstag zusammen mit seinem Sohn Gorka und mehreren weiteren Top-Funktionären festgenommen. Nach der Entscheidung des zuständigen Richters muss der 67-Jährige zunächst in Haft bleiben.