Von 1976 bis 2003 war er Professor für Ägyptologie in Heidelberg. Danach war er Honorarprofessor an der Universität Konstanz, wo seine Frau Aleida Assmann Professorin für englische Literatur und Allgemeine Literaturwissenschaft war.

Assmann forschte unter anderem zur Entstehung des Monotheismus und entwickelte gemeinsam mit seiner Frau den Begriff des kulturellen Gedächtnisses. Dabei geht es um die Frage, welche Faktoren zu Identitäts- und Bewusstseinsbildung menschlicher Kulturen und Gesellschaften beitragen.

Für sein Wirken erhielt das in Konstanz lebende Ehepaar zahlreiche Auszeichnungen, darunter 2018 den Friedenspreis des Deutschen Buchhandels. Jan Assmann habe internationale Debatten um Grundfragen zu den kulturellen und religiösen Konflikten der heutigen Zeit angestoßen, hieß es damals zur Begründung.