Es soll dem Bündnis bei der Überwachung des Ostseeraums helfen. Der Stützpunkt werde eine entscheidende Rolle beim Schutz der Mitgliedstaaten gegen Aggressionen spielen, erklärte der SPD-Politiker. Dies gelte insbesondere angesichts der Nähe zu Russland. Pistorius betonte, es sei kein NATO-Hauptquartier, sondern ein nationaler Stützpunkt. In Rostock seien keine NATO-Truppen stationiert. Damit verstoße man auch nicht gegen den Zwei-plus-Vier-Vertrag. Er legte 1990 fest, dass auf dem Gebiet der ehemaligen DDR nur deutsche Streitkräfte und keine ausländischen stationiert werden dürfen.

Das neue Hauptquartier hat die Aufgabe, maritime Operationen und Übungsvorhaben zu planen sowie von der NATO zugeteilte Seestreitkräfte zu führen. Der Stützpunkt wird von einem deutschen Admiral geführt, sein Stellvertreter stammt aus Polen.