Der evangelische Theologe starb im Alter von 94 Jahren in Serrahn bei Rostock. Holmer hatte dem gestürzten DDR-Staatschef Honecker und dessen Frau Margot Anfang der 90er Jahre Kirchenasyl gewährt, auch um sie vor Racheakten zu schützen. Die Honeckers wohnten zehn Wochen lang bei Holmer und seiner Familie im Pfarrhaus.