Mit Blick auf die Kritik von Katholiken und Protestanten am Kurs der Union in der Migrationspolitik meinte er, sie sollten sich manchmal mehr um eher christliche Themen kümmern wie den Schutz ungeborenen Lebens. Zudem verwies der bayerische Ministerpräsident darauf, dass der Freistaat die Gehälter der Kirchen zahle. Bayern stehe zu den Kirchen wie kaum ein anderes Bundesland. Das Zentralkomitee der deutschen Katholiken verteidigte seine Kritik an CDU und CSU. Präsidentin Stetter-Karp sagte im Deutschlandfunk, aufgrund des Wortbruchs von Unionskanzlerkandidat Merz sei eine Reaktion notwendig gewesen. Christen suchten vom Evangelium her nach ihrem Weg. Da lasse der Umgang mit fremden Menschen keine Beliebigkeit zu. Man könne nicht einfach sagen, Asylrecht und Trennung von Familien seien egal.

Merz hatte im November im Bundestag zunächst dafür plädiert, keine Anträge ohne Verständigung mit anderen Parteien einzubringen, um Zufallsmehrheiten mit der AfD zu verhindern. Davon war er für eine potenzielle Verschärfung der Migrationspolitik abgewichen.