Die Historikerin Katharina Lenski, selbst in der DDR aus politischen Gründen von der Uni exmatrikuliert, hat über die Frage promoviert, wie SED und Staatssicherheit in die Universität Jena hineingewirkt haben. Die Möglichkeiten zum freien Austausch seien nie gut gewesen, in den 70er-Jahren aber noch erheblich gesunken, als die Uni Jena verstärkt in die Militärforschung eingebunden wurde, so Lenski.
"Dieses Schweigen verhinderte die Reflexion alltäglicher Fragen, was die wissenschaftliche Diskussion letzten Endes genauso blockierte. Es entstand ein dysfunktionaler Kommunikationsraum, gekennzeichnet durch Misstrauen und Abgrenzung. Längst war es normal geworden, Probleme zu beschweigen und Strittiges nicht nachzufragen, sondern sich in den Schützengräben der Feind- und Freundbilder voreinander zu tarnen."
Dabei sei es wichtig, Militär, Partei, Stasi nicht als von außen hineinwirkend zu betrachten, sondern als Teil des universitären Betriebs. Der Volksaufstand am 17. Juni 1953, der Mauerbau 1961, der Prager Frühling 1968, die Ausbürgerung von Wolf Biermann 1976 hätten den ideologischen Druck jeweils noch verschärft. Lenskis Fazit: "Die Naturwissenschaften waren also bei weitem nicht politikfern und die Universität nicht Insel des Geistes, sondern ein Raum, der mit Gesellschaft und Politik, Partei und Staatssicherheit verwoben und vernetzt war. Das Hauptmerkmal dieser Universität war nicht der Diskurs, sondern das Schweigen."

Der Soziologe Frank Ettrich mahnte an, zu differenzieren: Zwischen verschiedenen Hochschulen, Orten, Studienfächern. Er zum Beispiel habe während seines Studiums in den 80er-Jahren Zugriff auf alle relevante Fachliteratur aus dem Westen gehabt. Zwar sei das Studienziel immer zuerst die Ausbildung einer sogenannten "sozialistischen Persönlichkeit" gewesen, dennoch habe es einen begrenzten Raum für Individuelles gegeben.
"Also, ich will einen Begriff ins Zentrum stellen: Studierende an den Universitäten – und seien sie noch so stark kontrolliert – weisen einen Eigensinn auf. Das ist graduell! Das ist bunter und widerständiger, also, die Kontroversen, die wir hatten, waren nicht so sehr gegen und mit der Staatssicherheit, sondern das waren wirklich inhaltliche Probleme."
Auch aus dem Publikum kam Widerspruch: Der Physiker Peter Glatz, früher Physik-Dozent an der Pädagogischen Hochschule Erfurt, kritisierte vehement: "Das wahre Leben von uns an der PH war ganz anders als das, was von ihnen so dargestellt wird! Gerade vorhin habe ich im Deutschlandfunk gehört, wie wichtig die Ausbildung für die MINT-Fächer ist! Verdammt nochmal, warum wird das hier nicht reflektiert?"
Der Leiter der Gedenk- und Bildungsstätte Andreasstraße, Jochen Voit, der sich intensiv mit der Geschichte der PH Erfurt auseinandergesetzt hat, widersprach wiederum: "Aber das ist ja nicht das Thema, verstehen Sie?"
Peter Glatz: "Mein Thema ist es!"
Jochen Voit: "Ja, Ihr Thema! Aber dafür gibt es eine Festschrift, wo nur Menschen zu Wort kommen, die das Hohelied auf die PH singen, das ist Ihnen unbenommen! Leider findet sich da nichts über das, was die Menschen bewegt hat; da findet sich vor allem Quantitatives – Höher! Schneller! Weiter! –, die Erfolge: eine klassische Festschrift."

Grundsätzliche Kritik kam von Gabriele Stötzer. Die oppositionelle Künstlerin wurde mit einigen anderen 1976 von der PH Erfurt relegiert, weil sie gegen die Entlassung eines kritischen Kommilitonen von der Hochschule protestiert hatte.

"Ich sehe das so, dass die Leute ihrer Verlogenheit und auch Verlorenheit noch einen Sinn geben wollen. Ich finde das eigentlich tragisch, ja. Also, die versuchen hier was normal zu machen, was jede Köchin auch hätte sagen können: "Ich habe ja ganz normal gelebt." Natürlich haben die Leute alle normal gelebt, aber die haben eben auch an der Hochschule mit einer ganz großen Immoralität gelebt und Geld bekommen und andere Leute eben zu sozialistischen Personen umfunktioniert, die auch mal Wissenschaftler werden wollten."
Auch fast 30 Jahre nach dem Ende der DDR ist die Haut der Zeitzeugen also mitunter sehr dünn, wenn es um die Bewertung der Vergangenheit geht. Der Diskussionsbedarf scheint noch enorm zu sein.