In der Klageschrift heißt es, die Regierung gefährde die akademische Freiheit. Sie behalte Bundesmittel ein, um Kontrolle über die akademische Entscheidungsfindung an der Universität zu erlangen. Die Maßnahmen seien "willkürlich" und missachteten unter anderem den ersten Verfassungszusatz, der die Redefreiheit garantiert. Die Kürzungen müssten deshalb ausgesetzt werden.

Die US-Regierung verlangt von den Universitäten im Land, ihre Diversitätsabteilungen zu schließen und die Einwanderungsbehörde beim Durchleuchten von ausländischen Studierenden zu unterstützen. Diversitätsabteilungen setzen sich für die Rechte und Inklusion diskriminierter Gruppen ein. Harvard wehrt sich - anders als andere Universitäten im Land - gegen diese Forderungen. Universitätspräsident Garber erklärte, die Einrichtung verhandle nicht über "ihre Unabhängigkeit oder ihre verfassungsmäßigen Rechte".

Als Reaktion auf die Weigerung der Universität kündigte die Regierung an, mehrjährige Zuschüsse von 2,2 Milliarden US-Dollar zu streichen. Trump drohte Harvard außerdem mit dem Entzug von Steuervorteilen und mit der Einstufung als "politische Organisation". Er wirft der Universität vor, sie verfolge eine linke Ideologie und gehe nicht ausreichend gegen Antisemitismus auf dem Campus vor.

Der Vorwurf von Antisemitismus bezieht sich vor allem auf pro-palästinensische Demonstrationen an Universitäten wie Harvard oder der Columbia-Universität in New York seit dem Beginn des Gaza-Krieges am 7. Oktober 2023. Im März verkündete das Bildungsministerium auf dieser Grundlage die Überprüfung der staatlichen Unterstützung für insgesamt 60 Universitäten und Hochschulen.

Harvard-Präsident Garber erklärte, die Universität nehme ihre Rolle im Kampf gegen Antisemitismus am Campus sehr ernst. Das sei nicht nur die gesetzliche Vorgabe, sondern auch die moralische Verantwortung der Einrichtung. Seit dem letzten Jahr gebe es mehrere Arbeitsgruppen, die sich mit dem Thema auseinandersetzten. Ihre Berichte und Handlungsempfehlungen würden in den nächsten Tagen veröffentlicht.

Der offizielle Brief mit den Forderungen der Regierung erreichte die Universität am 11. April per E-Mail. Im Nachhinein ist unklar, unter welchen Voraussetzungen er gesendet wurde. Wie die New York Times berichtet, ließen Behörden-Verantwortliche die Universität wissen, dass der Brief ohne vorherige Absprache und zu früh verschickt worden sei. Öffentlich gab es bisher keine Erklärung dazu.