Er beobachtete regelmäßig den Himmel und wurde 1572 auf die Supernova im Sternbild Kassiopeia aufmerksam. 2000 Kilometer weiter nördlich in Schonen, im heutigen Südschweden, brachte die Beobachtung dieser Supernova Tycho Brahe zur Astronomie.
Maurolycus führte Experimente zur Refraktion durch, zur Brechung des Lichts an Glasflächen und in der Atmosphäre. In der Mathematik entwickelte er die klassische Beweismethode der vollständigen Induktion.
Attacke gegen Kopernikus Ideen
1575 veröffentlichte er ein Werk, das eine flammende Attacke gegen die Idee des Nikolaus Kopernikus war, nach der die Erde nur ein Planet unter Planeten ist, der um die Sonne kreist. Kopernikus, so wütete der Mönch, verdiene eher Peitsche und Geißel als eine Widerlegung.
Francesco Maurolico starb nur Wochen nach der Veröffentlichung seines Buches im Alter von fast 81 Jahren in Messina. Ob es die Strafe Gottes für diesen Zorn auf Kopernikus war, ist nicht bekannt.
1935 ließen die modernen Astronomen jedenfalls Milde walten. In jenem Jahr nannten sie einen über 100 Kilometer großen Krater auf dem Mond Maurolycus.