Als die Wehrmacht 1941 die Sowjetunion überfiel, war die Rote Armee nur bedingt einsatzbereit, weil Josef Stalin Jahre zuvor fast die gesamte militärische Führung beseitigt hatte. Da der sowjetische Staats- und Parteichef sich überall, auch in der Armee, von Verschwörern umgeben und bedroht fühlte, kamen durch die so genannten Säuberungen der 1930er Jahre weit mehr Generäle ums Leben als in den Schlachten des Zweiten Weltkriegs. Nach dem deutschen Überfall waren die neuen, unerfahrenen Kommandeure überfordert, eine schlagkräftige Abwehrfront aufzubauen. In dieser desolaten Lage übernahm Stalin am 7. August 1941 selbst den Oberbefehl über die Rote Armee.

Jörg Baberowski, Osteuropa-Historiker an der Berliner Humboldt-Universität: "Der Oberbefehl, der sicherte ihm die Kontrolle über das Geschehen. Und das war umso wichtiger, weil Stalin die Rote Armee enthauptet hatte während des Großen Terrors in den 30er-Jahren und er dafür verantwortlich war, dass sie sich in einem jämmerlichen Zustand befand."
Josef Stalin verfügte, wie sein Kriegsgegner Adolf Hitler, kaum über militärische Kenntnisse. Doch das hielt beide nicht davon ab, den Oberbefehl über ihre Armeen zu übernehmen. Stalins früherer Weggefährte aus der Zeit der Oktoberrevolution, Leo Trotzki, stellte ihm in den 1930er-Jahren ein denkbar schlechtes Zeugnis aus:

"Die Anmaßung, mit der heute Stalin eine hervorragende Rolle bei der Organisierung der Roten Armee zugeschrieben wird, prallt von den Tatsachen ab."

So wie Stalin 1940 Trotzki als politischen Feind durch einen Agenten im mexikanischen Exil ermorden ließ, so hatte er zuvor auch die Führung der Roten Armee als potentiellen Gegner ausgeschaltet.
Baberowski: "Fast alle Marschälle der Sowjetunion wurden 1937 getötet, Schauprozesse und Geheimprozesse organisiert und ein großer Teil des Offizierskorps vernichtet, so dass am Ende untere Offiziere Kommandoposten übernehmen mussten und die Rote Armee 1941 auf den Krieg nicht vorbereitet war."

O-Ton: "Aus dem Führerhauptquartier gibt das Oberkommando der Wehrmacht bekannt: Zur Abwehr der drohenden Gefahr aus dem Osten ist die deutsche Wehrmacht am 22. Juni, 3 Uhr früh, mitten in den gewaltigen Ausmarsch der feindlichen Kräfte hineingestoßen."
Die sowjetische Führung wurde von dem deutschen Überfall überrascht. Die Wehrmacht stieß mit ihren gepanzerten Divisionen rasch vor und besetzte weite Teile des Landes. In der Roten Armee machten sich Panik und Auflösungserscheinungen breit, zahllose Rekruten desertierten. Der Kreml schien zunächst gelähmt, erst am 3. Juli wandte sich Stalin an die Öffentlichkeit:
"Genossen, Bürger, Brüder und Schwestern, Kämpfer unserer Armee und Flotte! An Euch wende ich mich, meine Freunde. Der von Hitler-Deutschland am 22. Juni wortbrüchig begonnene militärische Überfall dauert an."
Stalin errichtete als Oberbefehlshaber ein Regiment des Schreckens. Sogenannte Spione und Vaterlandsverräter, die sich von der Truppe entfernten, wurden sofort erschossen oder in Strafbataillone gesteckt. Die Rotarmisten sollten nicht aus Loyalität, sondern aus Angst kämpfen.
"Feiglinge und Deserteure müssen vernichtet werden." So lautete der Befehl Nr. 270 des Oberkommandos der Roten Armee vom 16. August 1941.

"Kommandeure, die während des Kampfes ihre Dienstgradabzeichen abreißen und in die Etappe fliehen oder sich dem Feinde ergeben, sind als üble Deserteure zu betrachten, deren Familien zu verhaften sind."

Das Stalinsche System des Terrors zeigte im Kampf gegen den von deutscher Seite unerbittlich geführten Vernichtungskrieg Wirkung. Die Rote Armee konnte den Vormarsch stoppen und die Wehrmacht schließlich zurückdrängen. Aber keine andere Armee litt in dem Ausmaß wie die sowjetische: Auf einen gefallenen deutschen Soldaten kamen 20 tote Rotarmisten. Die durchschnittliche Lebenserwartung von Infanteristen betrug an der Front drei Wochen, sie waren Kanonenfutter.
Baberowski: "Stalin wusste das sehr wohl, dass sein Regime auf wankenden Füßen stand und dass der Terror, so merkwürdig wie uns das heute erscheinen mag, der Terror eine der Möglichkeiten war, diese Armee zu disziplinieren."
Stalins Nachfolger Nikita Chruschtschow erklärte 1956, die Sowjetunion habe den Großen Vaterländischen Krieg trotz und nicht wegen Stalin gewonnen.