Eine Sprecherin des Innenministeriums sagte, Sicherheit habe bei den Flügen oberste Priorität; alle Personen würden vor der Einreise strikt überprüft. Eine Sprecherin des Auswärtigen Amtes wies darauf hin, dass rund 2.600 Menschen aus Afghanistan einen verbindlichen Aufnahmebescheid für Deutschland hätten. Die bereits getroffenen Zusagen hätten aus Sicht der Bundesregierung rechtlichen Bestand, hieß es bereits Ende März.

Sachsens Innenminister Schuster hatte der geschäftsführenden Bundesaußenministerin Baerbock zuvor vorgeworfen, das Aufnahmeprogramm für afghanische Flüchtlinge in den letzten Wochen ihrer Amtszeit intensivieren zu wollen. Der CDU-Politiker sagte der Deutschen Presse-Agentur, es sei infam und verbohrt, dass Baerbock quasi in letzter Sekunde Maßnahmen durchziehen wolle, die in der Gesellschaft zu massiver Polarisierung führen würden. CDU-Generalsekretär Linnemann hatte erklärt, dass die Personen zum Teil nicht sicherheitsüberprüft seien.

Mit den Flügen werden ehemalige Ortskräfte deutscher Institutionen in Afghanistan sowie besonders gefährdete Menschen wie Menschenrechtsanwälte oder Frauenrechtlerinnen nach Deutschland gebracht. Die voraussichtliche schwarz-rote Koalition will das Afghanistan-Programm beenden. Im Koalitionsvertrag von CDU, CSU und SPD heißt es: "Wir werde freiwillige Bundesaufnahmeprogramme so weit wie möglich beenden (zum Beispiel Afghanistan) und keine neuen Programme auflegen."